Архивы и папки с модами, в которых нету class-файлов типа ax.class или abc.class, можно просто кинуть в папку mods, что в папке с игрой. Эти class-файлы - часть игры, файлы с таким названия уже есть в Minecraft.jar, поэтому эти файлы не будут заменяться и мод, скорее всего, не будет работать.