Для тех, кто не совсем понимает, как это работает с технической стороны.
В лаунчере и файле minecraft.jar\net\Minecraft\src\Minecraft.class необходимо указать папку, из которой всё будет работать.
В коде лаунчера пишется путь к запускаемому minecraft.jar (путь - это так же и папка, стандартная .minecraft), а в minecraft.jar тоже прописывается путь, с помощью которого он будет обнаруживаться.
Кому надо, могу поделиться
У меня стоит куча различных клиентов. Я им назначил папки:
.minecraft
.onlymc
.naxwar
.minecraft173
.minecraft120
.minecraft110
Вскоре это будет на моём мега-сайте